Биохимический идентификация микроорганизмов проводится с участием дифференциально-диагностических сред, содержащих субстрат, выявляющий у бактерии определённый фермент. Процедура смешивания, если есть искомый микроорганизм, сопровождается реакцией, о которой оповещает изменение цвета индикатора. В качестве базовых реакций для идентификации используют ферментацию, окисление, ассимиляция, диссимиляция и гидролиз.
Распознавание бактерий проводится вручную с помощью готовых стрипов API от компании BioMerieux, охватывающих 15 основных видов и более 600 микроорганизмов или с участием прибора VITEK® 2 Compact. Автоматическая идентификация требует только приготовление суспензии и правильную загрузку образцов и инструментов. Зато применение ручных стрипов даёт больше свободы для экспериментов и исследований.